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同源重組修復(fù)（homologous recombination repair，HRR）是DNA雙鏈斷裂（double strand break，DSB）的首選修復(fù)方式。同源重組修復(fù)缺陷（homologous recombination deficiency，HRD）通常指細(xì)胞水平上的HRR功能障礙狀態(tài)，可由HRR相關(guān)基因胚系突變或體細(xì)胞突變以及表觀遺傳失活等諸多因素導(dǎo)致，常存在于多種惡性腫瘤中，其中在卵巢癌、乳腺癌、胰腺導(dǎo)管癌、前列腺癌等腫瘤中尤其突出。

HRD會產(chǎn)生特定的、可量化的、穩(wěn)定的基因組改變，可通過建立基于基因組特征分析的評估體系來預(yù)測腫瘤HRD狀態(tài)及其程度，已成為晚期卵巢癌患者臨床應(yīng)用聚腺苷二磷酸核糖聚合酶［poly（ADP-ribose）polymerase，PARP］抑制劑的新型生物標(biāo)志物，也可能對乳腺癌、前列腺癌等腫瘤的PARP抑制劑和鉑類藥物的臨床用藥具有指導(dǎo)價值。

本共識圍繞HRD定義描述、HRD腫瘤臨床病理與分子特征、HRD檢測的臨床應(yīng)用價值、HRD檢測樣本選擇、HRD檢測技術(shù)選擇與確認(rèn)、HRD算法標(biāo)準(zhǔn)化及HRD臨床檢測和應(yīng)用的問題等關(guān)鍵點(diǎn)，結(jié)合國內(nèi)外應(yīng)用現(xiàn)狀，為臨床提供7條HRD臨床檢測與應(yīng)用專家共識。希望本專家共識可以提高臨床醫(yī)師及檢測等相關(guān)人員對HRD臨床意義及檢測規(guī)范的認(rèn)識，從而更加準(zhǔn)確合理地開展HRD檢測及結(jié)果解讀，為患者提供更優(yōu)質(zhì)的臨床服務(wù)。

HRD定義描述

HRD的臨床應(yīng)用

2.1 HRD腫瘤臨床病理及分子特征

專家共識：HRD是惡性腫瘤較為常見的分子標(biāo)記，卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌、胰腺癌發(fā)生率較高；HRD陽性卵巢癌、乳腺癌表現(xiàn)出一定的臨床病理學(xué)特征，BRCA相關(guān)的遺傳性乳腺癌和卵巢癌表現(xiàn)更顯著。HRD是較穩(wěn)定的惡性腫瘤分子標(biāo)記，其評估通常不受腫瘤取材部位（同一部位不同病灶或原發(fā)和轉(zhuǎn)移病灶）影響。

2.2 HRD臨床檢測的應(yīng)用價值

專家共識：HRD臨床檢測在PARP抑制劑治療晚期卵巢癌療效預(yù)測中具有重要的應(yīng)用價值，可對卵巢癌患者進(jìn)行分層，優(yōu)化相應(yīng)治療決策，最大限度擴(kuò)大PARP抑制劑臨床獲益人群；在乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌中，其對PARP抑制劑或含鉑類藥物的臨床應(yīng)用可能也具有潛在的指導(dǎo)價值，相關(guān)研究尚在探索中。另外，我國尚無獲批的HRD檢測試劑，臨床實施檢測時應(yīng)依據(jù)患者腫瘤類型、分期與診療史，并在患者充分知情同意前提下，選擇與適應(yīng)證和（或）擬應(yīng)用的PARP抑制劑種類最匹配且經(jīng)嚴(yán)格性能驗證的商業(yè)試劑盒。

對于擬開展HRD項目檢測的實驗室，應(yīng)參照《醫(yī)療器械監(jiān)督管理條例》（國務(wù)院令第739號）相應(yīng)要求，并遵照衛(wèi)生行政部門的管理規(guī)定，滿足高通量測序的硬件和規(guī)范要求。

3.1 HRD檢測樣本要求

3.1.1   檢測樣本選擇   

HRD檢測樣本為腫瘤組織，分為甲醛固定石蠟包埋組織和新鮮組織，建議優(yōu)先選擇石蠟樣本。石蠟包埋組織樣本：建議送檢3年以內(nèi)（1年之內(nèi)更好）的石蠟切片，厚度4~5 μm，10張左右；應(yīng)由病理醫(yī)師確定腫瘤類型，并觀察腫瘤細(xì)胞的含量和數(shù)量（腫瘤細(xì)胞占比≥30%），以保證有足夠的腫瘤細(xì)胞用于HRD檢測；若腫瘤細(xì)胞含量不足，應(yīng)標(biāo)記腫瘤細(xì)胞區(qū)域，并富集腫瘤細(xì)胞，盡可能避免出血和壞死區(qū)域，以保證檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性。新鮮組織樣本：手術(shù)樣本不小于米粒大?。ā?0 mg），穿刺樣本不少于肉眼可見的1條。樣本離體30 min內(nèi)轉(zhuǎn)移至液氮或置于-80 ℃冰箱保存，亦可先保存于樣本保護(hù)劑中，然后盡早轉(zhuǎn)移到-80 ℃冰箱保存，防止核酸降解。新鮮組織因評估腫瘤細(xì)胞比例困難，故不推薦作為常規(guī)檢測樣本類型，如需使用可采用冷凍切片染色評估腫瘤細(xì)胞含量。此外，建議提供患者配對外周血樣本作為非腫瘤對照樣本，這有助于了解胚系BRCA1/2 和HRR基因突變情況，也有助于HRD評分時進(jìn)行倍性矯正。方法為采集2~5 mL 血液樣本于EDTA 抗凝管中，充分顛倒混勻8~10次，避免血液凝固，常溫運(yùn)送至檢測實驗室；待測樣本置于4 ℃冰箱保存，并在2 h內(nèi)處理。如需長期保存，應(yīng)置于-20 ℃冰箱保存，避免反復(fù)凍融。

3.1.2   核酸提取與質(zhì)控建議   

專家共識：HRD檢測優(yōu)先選擇3年以內(nèi)的石蠟包埋腫瘤組織，并觀察腫瘤細(xì)胞的含量和數(shù)量，以保證有足夠的腫瘤細(xì)胞用于檢測；若含量不足，應(yīng)進(jìn)行富集，盡可能避免出血和壞死區(qū)域。新鮮組織不推薦作為常規(guī)檢測樣本類型，若使用需先評估其腫瘤細(xì)胞含量。建議提供患者配對外周血作為非腫瘤對照樣本，這有助于了解胚系BRCA1/2以及其他HRR相關(guān)基因突變情況。

3.2 檢測技術(shù)選擇與確認(rèn)

HRD的臨床檢測方法可分為三大類：HRR相關(guān)基因突變檢測，基因組瘢痕與突變譜系分析以及HRD功能性檢測。其中，HRD功能性檢測通常是通過評估RAD51在DNA損傷時形成功能性同源重組所需核焦點(diǎn)的能力，實時反饋腫瘤細(xì)胞的HRD狀態(tài)。然而，HRD功能性檢測預(yù)測PARP抑制劑的臨床有效性尚未被證實，且在樣本選擇、分析體系建立上也存在一定局限性，因此尚難以在臨床上規(guī)范應(yīng)用。

3.2.1   HRR相關(guān)基因檢測   

BRCA1/2基因突變是引起HRD最明確的HRR基因，也是迄今為止最理想的PARP抑制劑療效預(yù)測標(biāo)志物。卵巢癌BRCA胚系突變與體細(xì)胞突變對PARP抑制劑的療效預(yù)測具有同等效力。除BRCA1/2 基因外，如RAD51B/C/D、BRIP1、PALB2、NBN、ATM、CHK1/2、CDK12 等HRR相關(guān)基因胚系和（或）體細(xì)胞突變也會導(dǎo)致腫瘤發(fā)生HRD?；赟tudy19研究的回顧性分析發(fā)現(xiàn)，攜帶CDK12、RAD51B、BRIP1 等基因突變與攜帶BRCA1/2 基因突變的患者接受奧拉帕利維持治療獲得類似的PFS獲益。但是，由于攜帶上述基因突變的個體較為罕見，相應(yīng)結(jié)果仍需更多前瞻性研究證實。其中，在前列腺癌中尤其重視HRR相關(guān)基因檢測，在經(jīng)恩雜魯胺或醋酸阿比特龍治療進(jìn)展后的mCRPC成人患者的奧拉帕利治療決策中，NCCN指南推薦進(jìn)行BRCA1、BRCA2、ATM、BARD1、BRIP1、CDK12、CHEK1、CHEK2、FANCL、PALB2、RAD51B、RAD51C、RAD51D、RAD54L以及PPP2R2A 等15個HRR相關(guān)基因檢測，且檢測變異類型應(yīng)包括點(diǎn)突變、插入/缺失、擴(kuò)增等。BRCA1和RAD51C啟動子甲基化也會導(dǎo)致HRD，通常在腫瘤組織內(nèi)與BRCA 基因突變互斥，但目前尚缺乏足夠證據(jù)表明HRR基因啟動子甲基化與PARP抑制劑的臨床療效有關(guān)，甚至存在相互沖突的研究結(jié)果。

3.2.2   基于SNPs的“基因組瘢痕”分析   

目前也可以基于SNPs分型評估整個基因組層面的3種“基因組瘢痕”現(xiàn)象（LOH、TAI、LST）的總體情況，并進(jìn)行HRD評分。HRD基因組瘢痕檢測可采用芯片或NGS平臺，當(dāng)前大多已從芯片平臺轉(zhuǎn)移至NGS平臺。有研究利用TCGA數(shù)據(jù)庫中乳腺癌的SNP-array和WES檢測數(shù)據(jù)，評價不同檢測平臺數(shù)據(jù)在HRD數(shù)值計算中的差異，結(jié)果3個數(shù)值均表現(xiàn)出顯著相關(guān)性。其中，Myriad myChoice CDx和FoundationFocus^TM CDx BRCA LOH是當(dāng)前經(jīng)諸多前瞻性研究驗證的應(yīng)用最為廣泛的商業(yè)化試劑盒。Myriad myChoice CDx包含BRCA1/2 基因編碼區(qū)和54 091個人群SNPs，綜合計算LOH、TAI和LST 3個指標(biāo)，當(dāng)患者BRCA基因突變陽性或HRD評分超過42分時判定為HRD陽性。FoundationFocus^TM CDx BRCA LOH通過覆蓋22條染色體上324個基因的3 500個SNPs，計算發(fā)生LOH的片段占整個基因組的比例，LOH高的截斷值為≥16%，HRD陽性定義為BRCA突變型或BRCA野生型但LOH高。目前我國尚未見批準(zhǔn)基于SNPs的“基因組瘢痕”的HRD臨床檢測試劑盒，Myriad myChoice CDx和FoundationFocus^TM CDx BRCA LOH也缺乏應(yīng)用于中國人群的大樣本前瞻性臨床研究數(shù)據(jù)，未來亟待推進(jìn)相應(yīng)試劑盒的開發(fā)與臨床驗證工作。此外，相應(yīng)Panel設(shè)計應(yīng)符合我國人群的分子遺傳學(xué)特征，SNPs位點(diǎn)的選擇應(yīng)注意把握2個要點(diǎn)：一是位點(diǎn)的分布需相對均勻，以避免某些區(qū)域出現(xiàn)未覆蓋的情況；二是需要盡可能地覆蓋更多的雜合位點(diǎn)。要確保實現(xiàn)上述2個目標(biāo)，HRD Panel設(shè)計上應(yīng)優(yōu)先選擇中國健康人群頻率在0.4~0.6之間的SNPs位點(diǎn)；同時需避免覆蓋嚴(yán)重偏離哈迪-溫伯格平衡以及探針無法穩(wěn)定覆蓋的位點(diǎn)。

3.2.3   基于突變譜系特征的分析  

專家共識：基于SNPs的“基因組瘢痕”分析是當(dāng)前最具應(yīng)用前景的HRD臨床檢測方法，能從BRCA野生型腫瘤患者中有效篩選出PARP抑制劑治療的潛在獲益人群。當(dāng)前亟待推進(jìn)我國相應(yīng)合規(guī)試劑盒的開發(fā)與驗證工作，其SNPs位點(diǎn)選擇與Panel設(shè)計應(yīng)著重把握我國人群的分子遺傳學(xué)特征，并積極倡導(dǎo)聯(lián)合開展PARP抑制劑前瞻性多中心臨床研究驗證。

3.3 HRD算法的標(biāo)準(zhǔn)化及精準(zhǔn)化

HRD評分是反映腫瘤樣本因HRR通路異常而導(dǎo)致的腫瘤樣本基因組不穩(wěn)定的情況，目前主要通過2個步驟計算HRD評分：⑴通過檢測關(guān)鍵的HRR基因變異評估產(chǎn)生HRD的原因；⑵通過檢測基因組損傷的程度計算基因組不穩(wěn)定狀態(tài)的評分；然后綜合上述2個步驟的結(jié)果評估HRD的狀態(tài)。前者可通過NGS測序檢測發(fā)生在HRR通路上的特定基因的變異情況評估，后者主要通過分析腫瘤樣本基因組上的SNPs計算基因組不穩(wěn)定狀態(tài)的評分。

3.3.1   基于全基因組范圍內(nèi)高密度SNP位點(diǎn)檢測的HRD評分計算   

目前在臨床檢測中HRD評分主要應(yīng)用基于高密度全基因組SNP-array或NGS基因組SNP骨架探針檢測結(jié)果，并結(jié)合與HRD相關(guān)基因變異與基因組不穩(wěn)定的程度進(jìn)行分析。首先，檢測BRCA1/2有害突變、BRCA1啟動子甲基化等指標(biāo)，再通過高密度的SNP位點(diǎn)信息，分析由這些分子機(jī)制導(dǎo)致的基因組不穩(wěn)定情況，匯總LOH、LST、TAI等拷貝數(shù)變異指標(biāo)計算HRD評分，然后進(jìn)一步通過PARP抑制劑治療療效劃定HRD 評分的閾值，從而建立完整的HRD檢測分析流程。

Myriad myChoice CDx采用的HRD評分算法是通過患者腫瘤樣本中的體細(xì)胞拷貝數(shù)變異（somatic copy number variants，SCNV）程度來反映患者HRD程度，簡要的生信分析及HRD評分計算方法有以下幾個步驟：⑴對腫瘤樣本和對照樣本檢測范圍內(nèi)的SNP位點(diǎn)的覆蓋度進(jìn)行預(yù)處理；⑵將相近的SNP位點(diǎn)合并成同一區(qū)段；⑶根據(jù)上一步的分段結(jié)果確定每個區(qū)段的SCNV，確定LOH、LST、TAI分值，進(jìn)一步匯總為HRD評分。由此可見，HRD評分算法的準(zhǔn)確性主要基于患者腫瘤樣本SCNV檢測的準(zhǔn)確性。ASCAT軟件計算SCNV時可將腫瘤細(xì)胞純度和整體腫瘤倍性作為重要參數(shù)，并將其帶入計算，從而得到每個區(qū)段的拷貝數(shù)，以增加區(qū)段拷貝數(shù)的檢測準(zhǔn)確性。針對WGS測序的Sequenza軟件通過標(biāo)準(zhǔn)化SNPs覆蓋度減少高通量測序帶來的噪音，ABSOLUTE和Sclust軟件還可以根據(jù)患者的體細(xì)胞突變情況，通過不同模型的聚類分析展現(xiàn)腫瘤細(xì)胞的亞克隆情況，進(jìn)一步調(diào)整SCNV的準(zhǔn)確性。

3.3.2   基于WGS或WES的HRD評分計算   

基于高密度全基因組SNP-array或NGS基因組SNP骨架探針的檢測結(jié)果可以對基因組瘢痕進(jìn)行檢測及計算而得到基因組不穩(wěn)定狀態(tài)的評分，基于基因組全面覆蓋的WGS 或WES方法的檢測結(jié)果還能同時分析得到高HRD評分腫瘤樣本所具有的微同源缺失、COSMIC 突變特征結(jié)構(gòu)變異等基因組學(xué)特征。有證據(jù)表明綜合基因組不穩(wěn)定狀態(tài)的評分以及HRD相關(guān)基因組學(xué)特征獲得的HRD評分結(jié)果準(zhǔn)確度更高。然而，WGS檢測所需的高DNA上樣量、高測序數(shù)據(jù)量以及無法涵蓋HRR信號通路的體細(xì)胞突變等缺點(diǎn)限制了其在臨床上的應(yīng)用。因此，綜合檢測所需樣本量、數(shù)據(jù)量、體細(xì)胞突變，可采用高深度WES加高密度SNPs方法，對腫瘤樣本中HRR信號通路中的遺傳性突變、體細(xì)胞突變及基因組不穩(wěn)定性狀態(tài)同時進(jìn)行全面檢測。隨著WES檢測成本降低及檢測技術(shù)不斷成熟，WES檢測有可能成為準(zhǔn)確評估HRD的檢測方法，為患者接受PARP抑制劑治療提供精確指導(dǎo)。

3.3.3   人工智能模型輔助HRD評估分析   

專家共識：在HRD臨床檢測中，基于SNPs位點(diǎn)信息進(jìn)行HRD評分計算的準(zhǔn)確度主要依賴于對SCNV的準(zhǔn)確分析；同時，通過WGS、WES等檢測技術(shù)獲取更多的基因組信息，有助于進(jìn)一步提升HRD評分計算的準(zhǔn)確度；應(yīng)用人工智能技術(shù)輔助分析HRD的多維度特征，已展示出高效識別HRD陽性人群的潛在優(yōu)勢。必須強(qiáng)調(diào)的是，任何一種檢測方法、評分計算方法和判斷標(biāo)準(zhǔn)在臨床正式應(yīng)用前，都需要經(jīng)過嚴(yán)格的性能分析與臨床效能驗證。

3.4 HRD報告建議 

3.4.1   HRD報告應(yīng)包含的內(nèi)容  

 ⑴基本信息：

①受檢者信息，包括姓名、性別、年齡、臨床診斷、病理診斷、基因檢測史、家族史和臨床治療史等；

②樣本信息，包括樣本類型、病理號、樣本采集時間、送檢機(jī)構(gòu)、送檢醫(yī)生、送檢日期和報告時間等；

③項目簡介，包括檢測方法、檢測平臺、檢測內(nèi)容（包括基因數(shù)量、Panel大小等）、文庫構(gòu)建和參考基因組，數(shù)據(jù)分析流程、軟件及版本等。

④樣本質(zhì)量情況，如腫瘤細(xì)胞占比。

⑵檢測結(jié)果：

①質(zhì)控結(jié)果，包括Q30、測序深度、覆蓋度等；②BRCA1/2突變狀態(tài)、HRR相關(guān)基因突變狀態(tài)、HRD評分和結(jié)果釋義等。

⑶檢測結(jié)果注釋：

①HRD評估，包括BRCA1/2致病性變異、其他涉及HRR信號通路的相關(guān)基因變異，表征基因組不穩(wěn)定性的HRD評分及閾值判定規(guī)則，以及聯(lián)用BRCA1/2有害變異與HRD 評分進(jìn)行HRD狀態(tài)判定的規(guī)則。

②結(jié)果解讀，包括是否有明確的閾值說明，不同癌種、不同PARP抑制劑應(yīng)列明不同閾值與用藥的相關(guān)性臨床試驗證據(jù)支持，伴隨診斷的藥物推薦。

③基于BRCA 基因突變陽性患者涉及胚系遺傳的提醒，建議其直系親屬檢測是否攜帶該突變。

⑷簽字：

檢測技術(shù)人員及審核人員簽字，最終報告應(yīng)由中級職稱或碩士以上學(xué)歷且具有病理學(xué)專業(yè)背景、經(jīng)培訓(xùn)合格的本單位執(zhí)業(yè)醫(yī)師或授權(quán)簽字人（高級職稱或醫(yī)學(xué)博士學(xué)位）審核。

⑸局限性說明：

根據(jù)腫瘤類型、受檢樣本類型、檢測Panel以及相關(guān)臨床研究結(jié)果等信息對HRD 臨床應(yīng)用的局限性進(jìn)行說明。

3.4.2   HRD報告臨床解讀建議   

專家共識：HRD臨床檢測報告內(nèi)容除重點(diǎn)描述BRCA1/2 等HRR相關(guān)基因變異情況以及GIS計算數(shù)值外，還應(yīng)針對相應(yīng)癌種的PARP抑制劑療效預(yù)測價值進(jìn)行解讀；HRD評分閾值判定與不同癌種、不同PARP抑制劑及其相應(yīng)適應(yīng)證有關(guān)。同時，目前尚缺乏HRD評分應(yīng)用于中國人群PARP抑制劑療效預(yù)測的大樣本臨床研究數(shù)據(jù)，報告應(yīng)著重闡述其檢測的局限性。

HRD臨床檢測和應(yīng)用的問題與展望

目前臨床上主要通過檢測基因組瘢痕或HRR基因突變間接評估HRD的狀態(tài)，但哪些生物標(biāo)志物應(yīng)納入HRD狀態(tài)評估尚無統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)，在HRD評估中也還有許多問題亟待解決：

⑴HRR通路基因分布廣泛，與其他通路有交叉情況，國內(nèi)外對HRR基因的定義不明確，缺乏統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)；

⑵不同HRR基因的功能不同，其在HRD評估中的作用缺乏量化指標(biāo)；

⑶HRD發(fā)生的機(jī)制復(fù)雜，單純HRR通路基因突變檢測可能造成HRD結(jié)果假陰性，因此檢測結(jié)果陰性不能排除HRD；

⑷大片段缺失等變異類型需要在HRD評估中充分考慮并進(jìn)行驗證；

⑸基因組瘢痕是HRD的表現(xiàn)形式，只能反映某段時間的基因組不穩(wěn)定狀態(tài)，而不能準(zhǔn)確評估回復(fù)突變導(dǎo)致的同源重組功能重建情況；

⑹不同的HRD評估方法及HRD評分算法是非等效的，各種評估方法的預(yù)測效能和檢測結(jié)果一致性等尚缺乏標(biāo)準(zhǔn)化驗證方案；

⑺HRD檢測的標(biāo)準(zhǔn)品選擇及性能驗證方法有待完善；

⑻不同腫瘤類型的HRD評分閾值可能不同，因此需要通過臨床試驗評估不同腫瘤類型HRD閾值對鉑類藥物或PARP抑制劑的療效預(yù)測效能。

HRD作為泛癌種生物標(biāo)志物在臨床應(yīng)用中還處于起始階段，泛癌種中HRD與免疫檢查點(diǎn)抑制劑的相關(guān)性值得進(jìn)一步研究。目前國內(nèi)外有多個研究機(jī)構(gòu)正在多癌種中開展HRD評分狀態(tài)與HRR相關(guān)基因，以及與免疫檢查點(diǎn)抑制劑單藥或聯(lián)合用藥療效相關(guān)性的臨床試驗。在2021年的美國婦科腫瘤學(xué)會（SGO）年會上公布了一項Ⅲ期臨床試驗，該研究首次探索了免疫檢查點(diǎn)抑制劑在BRCA1/2突變和HRD卵巢癌患者中的療效，以及BRCA1/2突變和HRD與腫瘤突變負(fù)荷的相關(guān)性。

總之，HRD檢測和臨床應(yīng)用的標(biāo)準(zhǔn)化仍任重而道遠(yuǎn)，但其應(yīng)用前景值得期待。未來隨著基因檢測技術(shù)的飛速發(fā)展，HRD評估方法的不斷完善，以及越來越多臨床醫(yī)師、病理醫(yī)師、分子檢測人員、臨床藥師和腫瘤生物學(xué)專家更深入和廣泛地參與腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療，相信HRD的精準(zhǔn)評估將會進(jìn)一步提高腫瘤診療水平，讓更多腫瘤患者獲益。